本系前身為農業教育學系,創設於民國四十四年,學生享有公費待遇,民國五十三學年度起實施分組教學。民國六十一學年度起取消公費,改設為農業機械及農業教育兩組。民國七十學年度正式改制為農業機械工程學系。民國八十學年度設立碩士班,八十三學年度增設博士班。配合社會環境之變遷及階段性任務之完成,自民國九十一學年度起本系轉型更名為「生物產業機電工程學系」(Department of Bio-industrial ial Mechatronics Engineering)。

     本系以積極培育以下領域之人才作為教學與研究方向:生物產業自動化工程、生物產業電子化工程、生物系統工程、農業生物技術之發展、生物產業機械之研究發展、高科技在農業及生物工程上之應用研究、生物感測器及生物晶片之研發、生物材料加工工程、生物廢棄物處理工程、畜牧生產及加工工程、生物環境控制工程、生物與奈米、微機電等科技之結合研究。